食品安全法執法檢查組對各地方、各方面反映的困難和問題、提出的建議，概括為七個方面：
1、監管體制改革尚未到位
2、配套法規、規章仍滯后
3、安全風險監測基礎薄弱
4、安全標準數量少指標粗
5、經費問題影響執法效果
6、部分企業未能落實責任
7、普法宣傳社會監督不夠
全國人大常委會罕見地對一部法律當年實施、當年即開展執法檢查。
食品安全法這部法律在立法過程中就備受關注，全國人大常委會副委員長路甬祥昨日作執法檢查報告時表示，“各級黨政領導從來沒有像今天這樣重視食品安全工作，社會公眾從來沒有像今天這樣關注食品安全。”
執法檢查組認為法律實施總體情況良好。不過，向來講問題和建議多于成績的人大執法檢查報告，也指出了目前食品安全法實施中涉及的七大問題。
綜合協調機制待完善
分段監管的體制問題在食品安全法制訂過程中即有很多批評，執法檢查組發現，監管體制改革尚未到位———省級機構改革正在進行，監管職能調整沒有完成，大多數市、縣級體制改革還未啟動。
而國務院衛生行政部門履行食品安全綜合協調職責的工作機制尚待進一步完善，目前尚未建立起強有力的工作機制。
此前法律制訂中，分段監管體制中的不同部門監管界限不清晰的問題就已提出，此次執法檢查發現依然存在監管邊界不夠清晰問題。
配套法規規章仍滯后
執法檢查組發現，由于食品安全法頒布實施時間不長，目前配套法規、規章滯后的問題仍然比較突出。比如保健食品監管、食品生產許可等方面的配套法規規章至今沒有出臺。
此外，雖然食品安全法授權省級人大常委會制定本區域內食品生產加工小作坊和食品攤販的具體管理辦法，但地方立法難度大，至今絕大多數省份還沒有制定這方面的地方性法規。
目前，食品安全風險監測、風險評估與預警工作基礎薄弱，對食源性疾病、食品污染和食品中有害因素的風險監測與評估尚處于起步階段，路甬祥表示，各地工作開展不平衡，與食品安全法確定的實施風險監測與評估制度還有較大差距。
檢查組建議有關部門加快建立覆蓋全國的風險監測網絡，加快組建國家食品安全風險評估中心，在有能力的地區建立風險評估分中心。
中西部經費缺口較大
食品安全法實施條例規定了買樣費和檢驗費由同級財政列支，國務院也要求縣級以上地方人民政府對本行政區域內執行食品安全法確立的各項制度予以經費保障，但是中西部和其他困難地區財政經費到位率很低，缺口很大，直接導致監督抽檢范圍縮小、頻率下降、批次減少，影響了執法的效果。
此外，執法檢查組還就食品安全標準缺乏和不統一，企業作為食品安全“*責任人”意識不強，社會監督渠道不暢等問題提出了建議。執法檢查組建議全國人大常委會于2011年再次開展食品安全法的執法檢查，以促進法律的有效實施，切實改進食品安全狀況
